崇祯十五年正月，面对开封被围，洪承畴困于松山，建奴、流寇无人可制。

兵部尚书傅宗龙、汪乔年等重臣多次上书举荐，称孙传庭“治军严整，善用陕兵，熟知秦地军情”，是镇压流寇的不二人选。

崇祯采纳举荐将孙传庭释放，此时李自成还在围攻开封，河南战局崩溃，松锦之战明军主力深陷泥潭，海内急需能战将领主持剿寇军务。

崇祯帝在平台亲自召见了孙传庭，询问“剿贼安民之策”，初次应答中，因孙传庭因长期在狱中，对流寇此时发展估计不足，竟脱口而出：“臣有五千精兵足以办贼！”

当晚，在得到相熟之人点醒后，意识到如今形势严峻，次日平台奏对随后修正，孙传庭改口：“以时势料之，非练兵二万，饷百万不可。”

提出具体策略为训练精锐两万，需饷银百万两，辅以秦地缙绅募捐。

并提出“商剿”策略：即觑定一股，剿完一股，反对“杀零截尾”的敷衍战术。还强调计守潼关，扼京师上游，稳固关中为根本。

并严词推翻杨嗣昌的“四正六隅，十面张网”方略，认为毫无益处。

崇祯帝对孙传庭的请求部分采纳，但对其兵力需求持怀疑态度，反问说：原议练兵五千可以破贼，何以又说需练兵两万?

尽管如此，崇祯仍命孙传庭率部分京营归孙传庭节制，同时督促他练兵完成后，尽快出关与李自成作战。

随后于朝廷上正式授孙传庭任兵部右侍郎兼陕西总督，节制陕西、三边（延绥、宁夏、甘肃）及河南、湖广部分明军，成为西北战场最高指挥官。

孙传庭可自主招募新兵、整肃旧部，甚至有权处决不听命的将领，还允许其在陕西境内“加征练饷”“截留漕粮”，并可自主筹措军饷、铸造兵器，无需事事请示京师，保障练兵与作战补给。

还可直接提拔或罢免陕西、三边的中低级军政文武官员，核心部将也由其自主任命。

孙传庭收到任命后先承诺“三月之内练成劲旅，六月之内出关击贼，解开封之围，荡平中原流寇”，立下明确的平叛时间表。